第三，在改良社会风俗方面的积极影响。由于文化落后，旧中国迷信盛行，而科学是解放人们的思想，破除迷信的最有力武器。它可以使人们明了一些自然现象产生的原因，并使其得到合理的解释。新学堂无疑成为宣传新的科学知识的基地。同时，这些新学堂的学生用所学的知识又无形地影响着其家属及周围的人们。另外，学堂的发展也迫切要求破除迷信。一些官员认识到了这个问题，声称：“学堂广设，科学日明，地球掩月而月食，月球掩日而日食，水汽上蒸而为云，遇冷下坠而为雨。学部审定教科书中诠发至明。五尺之童，靡不灼知其故。而救护日月之典，祈雨祷晴之事，官吏犹循成例举行，其子弟斥为怪诞不经。”[38]
第四，传统经学不可怀疑、不可议论的地位也受到动摇。清政府内部一些官员以教育崇实为理由，要求改革大学课程。其称：“大学堂设有经学科一门，国文学一门，所以保存国粹，用意至为深远。唯将来升入之生徒，皆由高等毕业而来，高等学科原有经学大义、中国文学两门。诸生由小学、中学递升高等，其于两种科学经数年之研究，当以深窥其意蕴。大学堂为国家储备任用人才，意在讲求政事，见诸实行，自宜注重实业。经学，国文两门，但应听其自习温习，毋用讲堂授课。”[39]在清末教育改革中，提出废除小学读经，并反对将经学独立为一科的不乏其人。这种现象的出现绝非偶然。它标志着一个时代的变革——中国将走出中世纪。中世纪的哲学，即经学必将为人所抛弃。人们需要更新的、能使中国走向富强的知识而不是固守国粹。富强成为人们最高的价值观念，是判断一切的标准。