高拱任职内阁大臣后，开始对徐家进行报复。在隆庆五年（1571年）的七月，苏淞兵备副使蔡国熙借孙克弘一案整治徐府众人，徐家也在这次的整治中遭到了重创，徐阶的长子徐以及次子徐琨被充军，小儿子徐瑛被削籍贬为平民，而徐府的所有家产也全部充公。这时，徐阶得到弟弟徐陟去世的消息，让一向高傲的徐阶觉得生活如此难熬。于是，他不得不低头写信给高拱，希望他能给徐家留条生路。而高拱收到徐阶的信后并没有因此而手下留情，但是张居正却无法袖手旁观。徐阶是张居正人生中的恩师，并且在辞官前曾恳求张居正照顾他的几个儿子。张居正了解高拱的为人，知道他心胸狭窄，但是张居正仍然没有袖手旁观。张居正义正词严地说服了高拱，让他放过徐阶，不要再为难徐家。高拱与徐阶的多年斗争就这样落下了帷幕。