康熙二年(1663)四月下旬，施琅上疏具体分析了形势，认为郑氏以前所依靠的乃郑泰所属官兵，郑泰被害，其弟郑鸣骏携带其兄郑泰家口妻孥及官兵已前来投诚，厦门实无良将精兵；又郑氏政权内部“相互猜疑，心怀芥蒂，貌合神离，多年负固之贼，眼见渐见瓦解”;从严敕边民内迁立界以来，沿海居民与郑氏“私通接济者日少”,厦门米价一担贵至三两五钱，草料一担增至三钱五分，粮饷匮乏；况且清军占踞同安、海澄两地，先已扼踞厦门咽喉，每昼夜派船袭扰敌巢，弄得郑方力竭穷蹙，以致每闻风声，慌乱不堪，惊魂不定。据此，施琅向康熙进言，若不趁此良机进击，必将贻误战机。康熙皇帝采纳了施琅的意见，一面派人四出打探信息，并将招降之意，遍行散布；一面降敕靖南王、总督、提督整饬水陆各军相机进剿。于是福建水师提督施琅筹建快船一百六十艘，新募官兵三千名，日夜操练，准备进兵厦门。