明、清两代是中国佛教式微时期，佛教至明代已深入中国民间，甚至产生佛、道不分的情形。明太祖为加强对佛教的管理，曾颁布法令，严禁僧俗往来。清代朝廷对蒙古采取怀柔政策，帝王崇尊密教，为喇嘛僧建立寺庙，雍正并改北京雍和宫为喇嘛寺。此时民间或有他宗信仰，但法运衰微，佛教益颓，末渐盛行居士佛教[28]。
净土经忏时期（清末民初）——约19世纪至20世纪
明太祖鉴于佛教团体民间势力的庞大，颁布诏令，将佛教划归为山林之教，自此僧侣或以山居自修为依归，或居市集以念佛诵经超度亡灵为本业，失去大乘佛教弘法利生、广结人缘的菩萨精神。
此一时期，高僧大德或隐居山林自修，或志在民间游化，在经忏时流的世风下，别开参禅念佛的净业，诸宗派多以念佛为基本修行。民间持诵佛号，发愿往生西方的信仰亦盛，如印光大师主张念佛法门，致力社会救济，各地僧俗遂兴结社念佛的风气。清末民初，佛教续遭法难[29]，杨仁山、太虚大师等护教、革新，为中国佛教留下了希望的种子。