朝廷通过修撰《神宗实录》给予王安石的官方结论，只是政治上的否定，并没有对王安石的思想路线做出评判。而南宋理学家们则非常自觉自愿地接过了这个任务，以批判王安石的新学为标志，在意识形态方面展开了一场肃清王安石“流毒”的大围攻。这些理学家攻击王安石及其新学的论调也并不新鲜，一方面指责新学是异端邪说，“于学不正”，“杂糅佛道”，尤其着重批判新学是变更“祖宗法度”，导致北宋灭亡的重要思想乱根；另一方面则继承旧党的说辞，指责王安石的理财思想是“剥民兴利”，“聚敛害民”。因此得出的结论就是，王安石在学术方面很差，甚至简直可以说“得罪于孔孟”和“名教”。柯维骐甚至恶毒诅咒说，要是孔子遇见王安石，一定会像砍了少正卯一样砍了他的头。
理学家们如此起劲儿地攻击新学，当然有着自己的私心，批判新学，其实还是企图取彼而代之。而北宋灭亡的国之大不幸成了理学的幸事：在理学家不懈批判和官方需要否定王安石的双重作用下，理学在南宋时期获得大发展，到了嘉定和淳祐年间，俨然已经成功地取代了新学，确立了自己的官学地位，从意识形态上达成了否定新学和王安石的目标。孝宗淳熙四年（公元1177年），王雱被逐出孔庙。淳祐四年（公元1244年），宋理宗终结了朝廷对王安石的评价：“王安石谓天命不足畏，祖宗不足法，人言不足恤，为万世罪人，岂宜从祀孔子于庙庭？黜之！”