朝廷对此事十分重视，马上召集朝廷文武大臣对征剿之事进行二度商议，在当时侍郎张璁、桂萼的推荐下，朝廷很快下了圣旨，改委派王阳明先生为总督，负责两广以及江西、湖广等地的军务，其权限包括可以根据实际情况因地制宜制定出合适的作战计划，对当地的反贼进行安抚或者彻底剿灭，另外也可以根据实际情况设置土官或者流官，并认真核实参与其事的各位大臣的功劳与过失后，具体以文件的形式向朝廷报告。朝廷对于有心致仕的王阳明先是一番安抚，然后再责令王阳明要有体念国家的心，不要再像以往的做法那样一味地推诿和逃避。
王阳明先生接收到了圣旨后，给皇帝上疏言：
臣伏念君命之召，当不俟驾而行，矧兹军旅，何敢言辞？顾臣患痰疾增剧，若冒疾轻出，至于偾事，死无及矣。臣又复思，思、田之役，起于土官仇杀，比之寇贼之攻劫郡县，荼毒生灵者，势尚差缓。若处置得宜，事亦可集。镆素老成，一时利钝，亦兵家之常。御史石金据事论奏，所以激励镆等，使之善后，收之桑榆也。臣以为今日之事，宜专责镆等，隆其委任，重其威权，略其小过，假以岁月，而要其成功。至于终无底绩，然后别选才能，兼谙民情土俗，如尚书胡世宁、李承勋者，往代其任，事必有成。