各地藩王也能干预自己封国内的卫所军队。当时在各地藩王的封国内存在着两支军队，一支被称作“守镇兵”，也就是隶属于朝廷的都司卫所；另一支则被称作“护卫兵”，直属于藩王。当时护卫兵是由藩王自己管理的，而守镇兵则是由相应的指挥使来负责管理的。看上去似乎两支军队毫不相干，井水不犯河水，其实不然。虽然都司卫所下辖的军队由指挥使来管理，但是如果藩王要征用他们并且征用的理由合理的话，他们也只能听命。如果是封国位于险要之地的藩王，要是遇到紧急情况的话，比如外敌入侵，那更是不用说了，藩王一声令下，不管是守镇兵还是护卫兵都要跟着藩王上战场。
除了能够征用封国内的卫所兵之外，各地的藩王还能干涉自己封国境内卫所军队的调动。凡是朝廷要调动藩王封国内的卫所军队之时，都会颁布两份“御宝文书”，其中一份要给藩王，另一份则要给守镇官。但是守镇官在得到了皇帝的旨意之后并不能立即发兵，必须要等到藩王的旨意也颁布了下来之后才能发兵，否则“无王令旨，不得发兵”。除此之外，那些开国元勋们要奉旨调动藩王封地内的卫所军队时，也要向藩王汇报一下，之后才能调动军队。这一条的规定，使得亲王成为地方上守军的监视器，亲王也就成了大明皇帝在地方上的军事代表。