再者，现行的城镇公共服务体系和管理制度皆以当地人口为主体，流动人口在流入地的就业机会、社会保险和公共服务等都不能与当地居民享有的权利相等同。[21]当地政府提供的公共福利在一定程度上都是建立在保障、维护本地居民的基础上的，而外来流动劳动力在多数情况下，由于户籍身份的差异在劳动力市场上处在劣势。这种户籍歧视现象在劳动力资源密度大的三大经济区域尤为突出，特别是北京、上海等大城市，并且难以因新户籍改革而消失。
流动人口的社会保险关系的转移问题在人口密集地区比较突出。以养老保险为例，流动人口的不稳定性和流动性给保险关系的转移带来困难，虽然2009年国家出台了职工基本养老保险关系可在跨省就业时随同转移的政策，但是在实践中，各地区关于养老保险的做法、规定不同，造成保险转接、续存困难。我国现存的地方统筹的社会保障制度尽管基本框架按照国家要求基本统一，但是具体的设置和安排在地区间又存在差别。因此，当劳动力跨统筹区域流动时，社会保障制度的转接便出现问题，从而提高了相关社会保障制度产生的流动成本。