关于修昔底德的死亡原因以及葬身之地，修昔底德的同代人没有留下任何消息或暗示。敬仰修昔底德的希腊人后来做过一些调查和说明，比如修昔底德身后500多年的传记家普鲁塔克曾在《客蒙传》中转述他听到的传说：
据说修昔底德死在色雷斯一处叫作斯卡普特许勒的地方，在那儿被人暗杀。他的尸体被运回阿提卡，在客蒙家族的墓碑中间有他的碑，紧挨着客蒙的姐姐埃尔皮尼克的墓。但修昔底德是哈利莫斯德莫的人，而米尔提太家族是属于拉基亚太德莫的。[190]
雅典历史上叫修昔底德的人很多，很难说普鲁塔克时代的希腊人看到的客蒙家族墓地中的修昔底德就是历史家修昔底德。所以，普鲁塔克的怀疑是有道理的。较之普鲁塔克稍晚的希腊地理家波桑尼阿斯（盛年在公元150左右）也曾提到修昔底德因遇刺身死，但增加了一个具体情节，即修昔底德是在得到特赦后的返国途中不幸身亡的。这一具体说法当然同样查无实据，因为我们完全不知道身处修昔底德死后500多年的波桑尼阿斯是如何发现这一信息的。目前只能将它归入后人想象或推测范畴中去，姑妄听之而已。总之，有关修昔底德，从生到死都是一个谜，而且恐怕永远都是一个谜。
（2）修昔底德的史学思想与史学贡献
《伯罗奔尼撒战争史》的主题虽然是一场战争，而且今天看来这场战争不过是规模十分有限的一场地方性的局部战争，交战双方都是希腊人，对阵时的最大兵力不超过10万人，大多数战役都是在两三千人之间展开的；但对于小国寡民时期的古希腊人来说，它们已是倾全国人力物力的巨大战争了，而且几乎所有希腊城邦都卷入到这场战争中去，无论战争的规模和战争的残酷性都是空前的。这场战争不是简单的输赢问题，它极大地改变了古希腊的历史，改变了希腊的政治格局，改变了希腊人对自己生存状态的思考，加深了希腊人对人性的认知，其意义和影响远远超出了一场战争，甚至超出了古代的范围。正因为如此，当第一次世界大战爆发之后，英国史家和历史哲学家汤因比首先联想到的就是修昔底德笔下的伯罗奔尼撒战争，他认为修昔底德同他一样，为分崩离析、互相厮杀的大战所震撼。他据此得出结论：古典希腊的历史同现代西方的历史就经验而言，彼此之间具有共时性，二者的历史过程也是平行演进的，可以进行比较研究。[191]他的历史哲学大作《历史研究》虽然不能说是因为这个突生的灵感才动笔的，但与此有直接关系却是不争的事实。