建国之初，印尼经历了一个复杂动荡的时期，各种力量和思潮纷起，政党林立，内阁频频更迭，政局动荡不安。1959年，苏加诺提出“纳沙贡”思想，即民族主义、宗教和共产主义三种思想合流。苏加诺首先采取措施限制政党数量，使政党数量从独立初期的100多个减少到10个，至1973年将数量减少到3个；后来又废除总理内阁制而实行总统内阁制，推行“有领导的民主”。但各种社会力量之间的争夺不但没有停止，反而越来越激烈，终于发展到爆发1965年的“9·30运动”。
1965年9月30日，苏加诺警卫团营长翁东中校发动“9·30运动”，宣布成立“革命委员会”，接管政权。10月1日，陆军情报中心宣布陆军战略后备部队司令苏哈托临时接管陆军领导权，对“9·30运动”发起者采取行动。“9·30运动”宣告失败。